實驗室低溫噴霧干燥機JT-6000Y在使用時清洗方法在一定程度上是可以根據實際選擇干洗、濕洗或化學洗，在進行干洗的過程中，可以有效的用刷子、吸塵器進行清掃，濕洗：用60~80℃的熱水進行清洗。

低溫噴霧干燥機在采用化學清洗的過程中，在進行操作的過程中可以采用酸液、堿液以及各種洗滌劑清洗，在進行使用時其中酸洗，會有效的將其HNO3配成1~2%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用水清洗；堿洗：將NaOH配成0.5~1%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用清水清洗。

低溫噴霧干燥機在一定程度上應該有效的按照其周圍的環境條件，其空氣的含塵量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含塵量低的6~8星期清洗一次。其中的不銹鋼細絲，用堿洗法洗滌后，仍應均勻地敷設到空氣過濾器的框架內，并噴以輕質錠子油或真空泵。