微生物樣品的原始狀態可能是塊狀、糊狀、粉末狀等等，都須將其制成細化的液體狀樣品，才能有利于微生物的分析和接種。拍打式無菌均質器工作原理是：將原始樣本（大的需要剪成約10×10mm塊狀），與某種液體或溶劑放入均質袋，經本儀器拍打式無菌均質器的錘擊板反復在樣品均質袋上錘擊，產生壓力、引起振蕩、加速混合、從而達到溶液中微生物成分處于均勻分布狀態。拍打式無菌均質器適用于腦、腎、肝、脾等組織及微生物的均質處理，廣泛應用于食品、臨床、分子學、毒素及細菌檢測等領域。
存放原始樣品物質和溶劑的均質袋，由特殊材料制成，已無菌處理（已開封的均質袋用戶應再次消毒滅菌以確保無菌），通過均質器門上沿部位的橫桿進行裝夾密封，可避免在錘擊板錘擊時溶液的溢出，均質器的拍擊板不停地在均質袋上錘擊，產生的壓力可將袋中的樣品擊碎混勻。均質速度可編程設定，每段可設3~12次/秒，均質時間每一段可設定為1秒~100分鐘或連續運行，用戶可根據樣品和溶劑情況進行合理的選擇，以達到Z佳的均質效果。例如：小鼠、大鼠的肝臟定時設3分鐘，中速6~10次/秒即可。